الجريدة الرسميةالعدد 5291ص 371216 حزيران 2014
يتكون الهيكل التنظيمي للهيئة من:-
أ- المجلس.
ب- المدير العام.
ج- المديرات التالية:
1- مديرية الشؤون الفنية والسلامة والأمن البحري.
2- مديرية الاتصالات البحرية والرئيس البحري.
3- مديرية التعليم البحري وشؤون العاملين في البحر.
4- مديرية التعاون الدولي.
5- مديرية تسجيل السفن والشؤون التجارية.
6- مديرية الشؤون المالية والإدارية.
7- مديرية الشؤون القانونية.
8- مديرية تكنولوجيا المعلومات والتحول الرقمي.
9- مديرية الموارد البشرية والتطوير المؤسسي.
د- الوحدتين التاليتين:-
1- وحدة الرقابة الداخلية.
2- وحدة الإعلام والعلاقات العامة.
هـ- مكتب المدير العام.