الجريدة الرسميةالعدد 4592ص 198916 نيسان 2003
يتكون الهيكل التنظيمي للوزارة على النحو التالي:-
أ-الامين العام للشؤون الادارية والمالية.
ب-الامين العام للشؤون الفنية.
ج-ادارة التأمين الصحي وتشمل المديريات التالية:-
-مديرية شؤون المشتركين.
-مديرية الشؤون المالية.
-مديرية الشؤون الفنية والدراسات.
-مديرية الحاسوب.
د-المديريات التالية:-
-مديرية الرقابة على الغذاء.
-مديرية الدواء.
-مديرية شؤون الموظفين.
-مديرية التزويد.
-مديرية المشتريات.
-مديرية النقل.
-مديرية الصيانة.
-مديرية الاجهزة والمعدات الطبية.
-مديرية الابنية والاراضي.
-مديرية الشؤون المالية.
-مديرية العطاءات والعقود.
-مديرية الاقتصاد الصحي.
-مديرية التدقيق والرقابة المالية.
-مديرية الجودة والنوعية.
-مديرية تنمية القوى البشرية.
-مديرية المعلومات والدراسات والبحوث.
-مديرية التخطيط وادارة المشاريع.
-مديرية المراكز المتخصصة.
-مديرية المختبرات.
-مديرية رقابة الامراض.
-مديرية الصحة المهنية.
-مديرية الامومة والطفولة.
-مديرية الصحة المدرسية.
-مديرية صحة البيئة.
-مديرية السلامة الصحية.
-مديرية ترخيص المهن والمؤسسات الصحية.
-مديرية العلاقات الدولية والعامة.
هـ- مديريات الصحة في المحافظات او في الالوية التي يحددها الوزير.
و-المركز الوطني للطب الشرعي.
ز-المستشفيات في المحافظات والالوية.
ح-الوحدات التالية:-
-وحدة الرقابة والتدقيق الداخلي.
-وحدة السجل الوطني للسرطان.
ط-المكاتب التالية:-
-مكتب الوزير.
-مكتب مديري الاختصاص.
-المكتب القانوني.