الجريدة الرسميةالعدد 4595ص 210330 نيسان 2003
يكون الهيكل التنظيمي للوزارة على النحو التالي :-
أ- الوزير.
ب- الأمين العام .
ج- مساعد الأمين العام.
د- إدارة الارصاد الجوية وتتكون مما يلي :-
1- مديرية التنبؤات الجوية .
2- مديرية محطات الرصد الجوي.
3- مديرية المناخ .
4- مركز التدريب للرصد والتنبؤات الجوية .
هـ- المديريات التالية :-
1. مديرية سلامة النقل والبيئة .
2- مديرية اتفاقيات ومعاهدات النقل .
3- مديرية متابعة وتقييم النقل.
4- مديرية التخطيط والدراسات .
5. مديرية تكنولوجيا المعلومات .
6- مديرية الشؤون المالية.
7- مديرية الشؤون الادارية.
8- مديرية الشؤون القانونية.
9- مديرية التطوير المؤسسي والموارد البشرية .
10- مديرية تتبع المركبات الحكومية ومراقبة استخدامها.
11- مديرية ادارة مشاريع المطارات.
12- مديرية إدارة شبكة السكك الحديدية الوطنية.
و- الوحدات التالية :-
1- وحدة الأمانة التنفيذية لتسهيل النقل والتجارة .
2- وحدة التحقيق في حوادث النقل.
3- وحدة الرقابة الداخلية .
4- وحدة الاعلام والاتصال.
5- وحدة الجودة.
ز- مكتب الوزير.
ح- مكتب الأمين العام.