الجريدة الرسميةالعدد 4551ص 278716 حزيران 2002
يتكون الهيكل التنظيمي للوزارة على النحو التالي:-
أ-الامين العام.
ب-مساعد الامين العام للشؤون الادارية والمالية.
ج-مساعد الامين العام للشؤون الفنية.
د-المديريات التالية:-
1-مديرية مؤسسات التعليم العالي.
2-مديرية البعثات وشؤون الطلبة.
3- مديرية الاعتراف بالجامعات والشهادات 0
4-مديرية الشؤون الادارية.
5-مديرية الشؤون المالية.
6-مديرية تكنولوجيا المعلومات 0
7-مديرية الاتفاقيات الدولية والعلاقات الثقافية0
8-مديرية العمليات والتخطيط 0
9-مديرية العلاقات العامة والاعلام 0
هـ - الوحدات والمكاتب التالية :-
1- وحدة الرقابة الداخلية 0
2- مكتب الشؤون القانونية0
3- وحدة الدراسات وتمويل المشاريع 0
4- الديوان 0