الجريدة الرسميةالعدد 4199ص 172615 نيسان 1997
يتكون الهيكل التنظيمي للصندوق من
أ- الرئيس.
ب- المدير.
ج- المستشار الشرعي.
د- مساعد المدير للشؤون الإدارية والمالية.
هـ- مساعد المدير لشؤون المشاريع واللجان.
و- المديريات التالية
1 - مديرية الموارد البشرية والتطوير المؤسسي.
2 - مديرية الشؤون الإدارية والمالية.
3- مديرية تكنولوجيا المعلومات.
4 - مديرية الخدمات المساندة.
5 - مديرية العلاقات العامة والإعلام.
6- مديرية المشاريع.
7- مديرية اللجان.
8- مديرية الدراسات.
ز- الوحدات التالية:
1 - وحدة الرقابة الداخلية.
2 - وحدة الشؤون القانونية.
3 - وحدة المتابعة والتفتيش.
ح- مكاتب الزكاة في مديريات الأوقاف في المحافظات والألوية.
ط- مكتب المدير.